Por sus grandes habilidades para moverse en el estrato arbóreo se lo ha supuesto durante mucho tiempo un felino arborícola; sin embargo existe evidencia suficiente para afirmar que sus hábitos son principalmente terrestres, aunque utiliza los árboles para descansar y, en ocasiones, cazar a sus presas.
Sus adaptaciones a la dinámica arbórea incluyen metatarsos móviles y pies grandes y acolchados. Sus pies traseros son capaces de rotar en un ángulo de 180°, lo que le permite desplegar una agilidad verdaderamente acrobática: puede descender de los árboles cabeza abajo o quedar colgado de ramas con una sola extremidad, y usar la cola como balancín para mantener estabilidad.
El Margay tiene hábitos solitarios y territoriales, con un patrón de actividad nocturno, aunque también ha sido registrado durante el día.
Entre sus principales presas, a las que caza mayormente en el suelo, se cuentan cuises, tapetíes, comadrejas, agutíes, colicortos, colilargos, murciélagos, mariposas, aves, lagartos, peces y excepcionalmente pequeños monos.
El período de gestación es de 76 a 84 días, luego de lo cual tiene 1 o 2 crías. Su capacidad reproductiva comienza a los 2 años de vida y pueden alcanzar una longevidad de hasta 22 años.